Никита Мндоянц получил образование как пианист и композитор в Центральной музыкальной школе при Московской консерватории, Московской консерватории и аспирантуре, где его педагогами были Т. Л. Колосс, профессора А. А. Мндоянц и Н. А. Петров (фортепиано), Т. А. Чудова и А. В. Чайковский (композиция).
Во время учебы успешно выступал на международных конкурсах пианистов имени И. Я. Падеревского в Польше (Первая премия, 2007 г.) и В. Клайберна в США (2013 г.), а также на многих юношеских международных и национальных конкурсах, где был удостоен первых премий. Недавно Никита Мндоянц одержал победу на престижном Международном конкурсе пианистов в Кливленде (США, 2016 г.).
В 2012 году в возрасте 23 лет Н. Мндоянц стал членом Союза композиторов России. В 2014 году был удостоен Первой премии на Международном конкурсе молодых композиторов имени Н. Мясковского, в 2016 году — памяти С. Прокофьева в Сочи. Является одним из героев документальных фильмов «Русские вундеркинды» (2000 г.) и «Конкуренты» (2009 г.), снятых немецкой фирмой Lichtfilm (режиссер И. Лангеман).
Будучи стипендиатом многих благотворительных фондов, Никита Мндоянц рано начал выступать в России и за рубежом. Его концерты проходили в лучших залах Москвы и Санкт-Петербурга, городах России, в Германии, Италии, Испании, Португалии, Польше, Латвии, Эстонии, Китае, Швейцарии, Израиле, Франции, Украине. После успеха на конкурсе Клайберна Мндоянц в течение трех концертных сезонов гастролировал по городам США. Играл с ведущими отечественными оркестрами, среди которых Государственный академический симфонический оркестр России имени Е. Ф. Светланова и Заслуженный коллектив России Академический симфонический оркестр Санкт-Петербургской филармонии. Выступал под руководством дирижеров — Леонарда Слаткина, Эри Класа, Владимира Зивы, Александра Рудина, Александра Сладковского, Константина Орбеляна, Фёдора Глущенко, Миши Рахлевского, Тадеуша Войцеховского, Чарльза Ансбахера и других. С 2012 года Никита Мндоянц — пианист и композитор в резиденции Международного музыкального фестиваля в Висамбуре (Франция).
Среди его партнеров по камерному ансамблю известные музыканты и коллективы — Александр Гиндин, Михаил Уткин, Валерий Соколов, Вячеслав Грязнов, Патрик Мессина, квартеты имени Бородина, Брентано, Эбене, Атриум, имени Цемлинского и имени Шимановского.
Музыку Н. Мндоянца исполняют Александр Рудин, Александр Винницкий, Михаил Березницкий, Никита Борисоглебский, Евгений Тонха, Игорь Федоров, Мария Власова, Татьяна Васильева, Дэниел Хоуп, Илья Грингольц, Анатолий Левин, Игорь Дронов, Сергей Кондрашёв, ансамбль солистов «Студия новой музыки», квартеты Credo, Cantando, имени Шимановского, имени Цемлинского, оркестр Musica Viva, Академический симфонический оркестр Московской филармонии, Симфонический оркестр радио «Орфей». Сочинения опубликованы издательствами «Композитор», «Юргенсон» и «Музыка».
В 2007 году фирма Classical records выпустила два диска Никиты Мндоянца, в один из которых вошла его музыка. В 2015 году на Praga digitals вышел диск с записью Квинтета М. Вайнберга в исполнении Никиты Мндоянца и квартета имени Цемлинского.
Никита Мндоянц удостоен Почетного диплома Общества имени Бориса Чайковского за большой вклад в дело популяризации сочинений этого композитора. С 2013 года преподает в Московской консерватории на кафедре инструментовки.